■ Точное время основания м-ря неизвестно. Первоначально он находился в соседнем с. Калиновка и назывался в память прп. Онуфрия Великого, а во время войн XVII в. запустел. В XVIII в. владельцы Шаргорода помогали обители: в 1718 г. Александр Конецпольский поселил в ней униатов, в 1748 г. Станислав Любомирский – перевел ее в город и разместил при храме св. прор. Иоанна Предтечи, поручив инокам заниматься образованием молодежи (к 1760 г. были открыты школа и больница), а ок. 1782 г. Иосиф Сосновский выделил м-рю нынешний участок.

■ В 1795-1799 гг. м-рь был резиденцией 1-го архиерея новоучрежденной православной Брацлавской епархии (впосл. Подольской) – еп. Иоанникия (Никифоровича-Полонского), впосл. архиеп. В 1797 г. архипастырь учредил при обители семинарию (в 1806 г. ее богословский класс перевели в г. Каменец-Подольский для создания отдельной семинарии), преобразованную в 1817 г. в духовное училище (в 1841-1849 здесь учился поэт Степан Руданский, в 1876-1880 – писатель Михаил Коцюбинский).

■ В м-ре подвизался прмч. Иоанн (Семенюк): уроженец Шаргорода (1878), он в 1910 г. стал послушником обители, к 1924 г. возглавил ее братию в сане иеромонаха, с 1925 г. служил на приходах, затем был выслан в Умань, в 1937 г. – арестован и расстрелян. В 1990 г. собор упраздненного богоборцами м-ря был передан приходской православной общине, 26 июня 1992 г. Свящ. Синод УПЦ благословил возрождение мужской обители, в 1996-1998 гг. она временно являлась женской.